Գիտական խորհուրդը ԵՊՀ ԻՄ-ի ուսումնամեթոդական, գիտահետազոտական ու գիտատեխնիկական գործունեությունը պլանավորող, համակարգող և կարգավորող կոլեգիալ մարմին է:

ԵՊՀ ԻՄ տնօրենությունը տնօրենին կից խորհրդակցական մարմին է, որը ձևավորվում է ԵՊՀ ԻՄ տնօրենի հրամանով և գործում է Գիտական խորհրդի հաստատած կանոնակարգով տրված լիազորությունների շրջանակներում: